Il culto per questa santa vergine, martirizzata a Catania sotto l’ imperatore Decio nel III secolo, fu portato a Genova da tempi immemorabili, la sua chiesa ed il convento  sorto nella zona di San Fruttuoso, sono citati in atti notarili sin dal 1191 come “Ecclesia de capite pontis Bisannis”, qui oltre il convento, esisteva anche un ospitale per dar rifugio e ristoro ai pellegrini che percorrendo l’ antica via romana si recavano in pellegrinaggio nella Città Eterna; al convento si accedeva attraverso un archivolto ancora esistente sul quale è leggibile un affresco raffigurante  sant’Agata al centro ed ai lati San Fruttuoso di Tarragona e sant’Antonio, nelle vicinanze vi sono due delle 28 arcate del ponte di Sant’Agata murate ma ancora ben visibili, il ponte di sant’ Agata, quasi completamente distrutto dalle devastanti piene del Bisagno, originariamente partendo da Borgo Pila arrivava proprio vicino alla chiesa omonima per una lunghezza di 280 metri. La chiesa  ospitò nei secoli le monache cistercensi, poi le canoniche Lateranensi, poi gli Agostiniani sino alla soppressione degli ordini religiosi quando cadde la Repubblica Aristocratica  di Genova nel 1797.  Il complesso monastico con la sua chiesa  acquistato dalla famiglia Pedemonte nel 1827  fu ceduto alle Maestre Pie di Sant’Agata che lo abitano ancora oggi e vi gestiscono una scuola dell’infanzia. Anticamente intorno alla mura del complesso erano  numerosi abbeveratoi oggi non più esistenti, perché  nella festa dedicata alla santa era d’ uso portare il bestiame per farlo benedire, da lì si sviluppò una fiera che ancora oggi è tradizionalmente la più amata dai genovesi.

 la Chiesa di Sant’ Agata ed il suo  campanile si presentano oggi in forme secentesche perché furono molte volte ricostruiti a seguito dei danni derivanti dalle devastanti piene del Torrente Bisagno.